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新冠病毒阴谋论疑云:“病毒非自然形成”,印度学者研究被哈佛大牛批“不靠谱”已撤稿(组图)

2020-02-02 来源: 综合新闻 评论12条

自新冠病毒疫情爆发以来,各式各样的“阴谋论”在互联网上流传。

随着日前一篇由未经评议文章上传到了生命科学领域最大预印本网站 bioRxiv,“新冠病毒并非自然形成”的说法甚嚣尘上,在中外舆论场引发了大量讨论。文章来自印度理工学院德里分校研究团队。

这个时候,我们该选择相信什么?

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图丨此次的印度论文(来源:bioRxiv)

印度学者:新冠病毒被插入 HIV 病毒关键氨基酸序列

先来看看这是一篇怎样的文章。

这篇名为“Uncanny similarity of unique inserts in the 2019-nCoV spike protein to HIV-1 gp120 and Gag(HIV Env/Gag 和 2019-nCoV Spike 蛋白间特异序列插入的异常相似性分析”)的论文指出,这次新冠病毒 S 蛋白的 4 个不连续位点被插入了 HIV 病毒的氨基酸序列。

S 蛋白(spike protein, 棘突蛋白)是帮助冠状病毒与宿主受体ACE2结合的关键存在,这些蛋白质的变化可以反映为病毒宿主特异性的变化。确定 S 蛋白的具体区域对新型冠状病毒疫苗的研发非常重要。

由于新冠病毒的 S 蛋白与 SARS GZ02 具有最相似的血统,团队因此使用 MultiAlin 软件比较了这两种病毒的 S 蛋白编码序列,发现了四个新插入片段:“GTNGTKR”(IS1),“HKNNKS”(IS2),“GDSSSG”(IS3)和“QTNSPRRA”(IS4)。

然后,团队使用pBLAST序列比对工具,检索了美国国立生物技术信息中心(NCBI)的病毒基因组数据库,从已知的病毒基因组中鉴定出与新冠病毒这些短序列相似的存在。该数据库包含超过 300 万个病毒基因组序列。

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图丨 NCBI 的病毒基因组数据库(来源:NCBI)

结果显示,所有这四个插入片段与某个 HIV 病毒变体匹配。相似序列来自 HIV 病毒中的 gp120 和 Gag 蛋白,前者也是病毒包膜识别蛋白。

这篇未经评议的文章中提到几个关键点分别在于,这四个片段发挥识别动物细胞的功能,未在冠状病毒科的其他种类中观察到,反而都映射到 HIV 病毒氨基酸的短片段,“不大可能会自然发生”。

研究人员在这篇文章中指出,在新冠病毒 S 蛋白的立体结构上,这 4 个插入位点恰好与动物细胞膜上的病毒受体相互结合,也就是说,这 4 个插入位点的存在可让病毒更好地入侵动物细胞,使其具备和 HIV 病毒类似的感染能力,而其毒性则仍由冠状病毒所决定。

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图丨新冠病毒的模拟蛋白(来源:bioRxiv)

文章写道:“令我们诧异的是,这片段不存在于 SARS 的 S 蛋白中,而且在冠状病毒科的其他种类中也未观察到。这令人震惊,因为病毒不太可能在短时间内偶然地获得这种独特的插入片段……

“有趣的是,尽管这些插入片段在一级氨基酸序列上表现为非连续,但 3D 建模表明,它们会聚在一起构成新冠病毒的受体结合位点……

“最新 28 种临床分离株的基因组序列显示,这些插入部分存在于所有分离株中。也就是说,新冠病毒已经获得这些插入片段,为其提供了额外的生存和感染优势。”

尽管没有明确声明,但不难看出,这篇未经评议论文在暗示,新冠病毒可能是人工干预的结果。

截至目前,这是我们看到将新冠病毒与 HIV 病毒相关联的唯一此类主要论文。

哈佛大学刘如谦:这项研究不靠谱

新冠病毒疫情正在全球蔓延,在这个时间点上发表这样充满阴谋论色彩的言论,再加上近日发现对新冠病毒起作用的药物包括抗艾滋病药物,文章迅速引来了大量关注。不少行业内的研究者纷纷发表看法。

对于这一耸人听闻的研究结果,哈佛大学科学家、CRISPR 基因大牛刘如谦(David Liu)教授在推特称这一研究结果不靠谱,纯属阴谋论。

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 图丨刘如谦评论(来源:推特)

刘如谦写道:“仅凭借短插入片段就声称新冠病毒起源‘不太可能是自然界偶然发生’已经让人高度怀疑,这是弄丢钥匙却只在路灯下寻找的经典做派。这个世界已经足够可怕,我们不需要错误的分析来激起阴谋论。”

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图丨 ARI ALLYN-FEUER 批判文章(来源:theprepared.com )

一位名为 ARI ALLYN-FEUER 的美国生物信息学博士、任职某大型制药公司首席科学家则发表了更为详细的文章,从三个方面驳斥了“新冠病毒是用人工手段由 HIV 病毒改造而来”的说法:

首先,印度文章中关于新冠病毒的序列与其最接近已知近亲序列有所不同,这一点并没有什么特别的。

其次,与 HIV 病毒的序列匹配的片段非常短,且都出现在两种病毒的高可变区中。新冠病毒和其他的病毒也已经发现了相似的重叠片段。

最后,从理论上讲,HIV 病毒可以赋予其他病毒艾滋病毒特性的片段没有出现在新冠病毒中。并且新冠病毒也没有已知冠状病毒所没有的独特临床特性。

“换句话说,序列重叠实际上并没有什么稀奇的,这并不是什么重大独家新闻。这个印度小组陷入了生物信息学研究误区”。至此,他认为印度研究者的工作得出的结论有误导公众之嫌,最核心的论点是“新冠病毒与 HIV 病毒重叠的序列特别短,完全不能体现 HIV 的特性。”

与此同时,在超过 300 万个病毒基因组序列中寻找相似的片段,是一件非常容易的事情。印度文章发表后的数小时内,便有其他科学家指出,用 pBLAST 检索 4 个序列,发现很多其他种类的病毒、甚至是细菌、原生动物、真菌、果蝇、植物当中,也存在相似情况,“不明白为何印度这支团队第一时间想到的是 HIV 病毒”。在国内,知乎网站上也有关于这篇文章的热门讨论,驳斥印度文章的论据也主要集中在上述的几个方面中。

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图丨 pBLAST 检索情况(来源:pBLAST)

随着驳斥印度文章的大量专业声音涌现,论文的研究团队今日宣布,将从预印本网站中撤回并发布修改版本。

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图丨印度团队回应声明(来源:bioRxiv)

早在 1 月 29 日,这篇印度学者文章就引起了美国流行病学家和公共卫生科学家 Eric Feigl-Ding 的高度关注。他还专门在推特上针对该论文展开持续的讨论,他给出的 5 点结论是:

1. 武汉华南海鲜市场不是病毒最初来源;

2. 新冠病毒突变快;

3. 新冠病毒具有任何冠状病毒中从未见过的异常片段;

4. 新冠病毒与艾滋病毒的“混合”不是最近发生的;

5. 异常片段负责进入宿主细胞的蛋白质。

虽然这些结论同样具有高度指向性,但 Eric Feigl-Ding 仍在推特中声明:“我绝对不是在说生物工程,也不是在支持任何没有证据的阴谋论。我只是说科学家需要做更多的研究并获取更多的数据,病毒溯源将是研究优先重点。”

由此,这篇富有争议的文章也为我们留下了一个更广阔的重要问题:

对于那些正处于快速变化阶段、当下全球公众迫切关心的事件,未经同行评议的相关科研成果是否还被允许照常公开发表?

新冠病毒与武汉实验室没有关系,引发阴谋论的印度论文已经撤稿

据中国新闻周刊报道,2月2日,bioRxiv科学网联合创始人理查德·塞弗在个人推特上发文:《2019-nCoV刺突蛋白中独有插入片段与HIV-1 复制蛋白gp120和Gag惊人相似》(下文简称《惊人相似》)一文作者自愿撤回预印本。预印本作者表示:“我们无意为阴谋论添枝加叶……感谢批评……(我们)将带着修订后的版本回来。”

1月31日,印度理工学院德里分校的研究人员在生物预印本 BioRxiv 发表题为《惊人相似》(Uncanny similarity of unique inserts in the 2019-nCoV spike protein to HIV-1 gp120 and Gag)的文章。

BioRxiv由非营利的研究与教育机构冷泉港实验室在2013年发起并运营,论文不需要同行评审,只要通过了攻击性/或非科学性、剽窃抄袭等基本筛查即可发表。

上述论文作者称,所有的4个插入片段中的氨基酸残基均与人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)的复制蛋白 gp120 或 Gag 中的氨基酸残基具有相同性或相似性。HIV-1是导致人类艾滋病的主要病毒。

尽管插入片段在一级氨基酸序列上是不连续的,但该论文作者做了一个简单的3D分子模拟,发现这些插入序列都在蛋白结合部位,并在论文结论部分强调“这在自然界不太可能是偶然的。”

论文一出,马上引起公众的“阴谋论”猜测和科学界“反阴谋论”的批判。

“几位在美国的华人病毒学家按那个文章做了分析,发现原来作者的工作有很多错误,结论是不对的。”美国马萨诸塞大学医学院教授、国际学术期刊《新发病原体与感染》主编卢山给《中国新闻周刊》的邮件回复中写道。

“他那种所谓的相似性根本就站不住脚。”清华大学医学院教授、全球健康与传染病研究中心主任张林琦解释说,在人体内,20多种氨基酸的排列和组合就构成了每个人不同氨基酸序列和结构,相似序列越长,说明同一个来源的可能性就越大,但如果只有三四个、四五个氨基酸很像,根本说明不了是同一来源。生物在进化过程中都有一定的同源性。

浙江大学生命科学研究院教授王立铭在个人微博上打比方解释,这就像有人惊呼“你居然和去年那个杀人犯长的一样,你看你们都有两只耳朵!你一定是那个杀人犯的孪生哥哥!”但问题是“全体人类都有两只耳朵”。

俄亥俄州立大学病毒与新发病原学中心主任刘善虑在接受《知识分子》采访时指出,从科学和病毒进化的角度来看,冠状病毒和属于逆转录病毒的艾滋病毒差别很大,发生基因间重组的可能性不大,因为同源性太差。HIV的传染途径和新冠病毒完全不同,新冠病毒的这几个插入突变也不能使其获得感染T细胞的能力。

一些医生建议使用抗HIV病毒的药物洛匹那韦和利托那韦是基于其蛋白酶抑制活性。利用蛋白酶加工衣壳蛋白是RNA病毒普遍共性,并非HIV独有,此前在非典时期,香港也曾使用这两个药进行临床试验。

基于这篇论文,各种阴谋论喧嚣尘上,有人在脸书和推特上甚至发文称新冠病毒是武汉的“P4实验室泄漏事故造成”。对此,中国科学院武汉病毒研究所新发传染病研究中心主任石正丽在她的微信朋友圈回应道:“欢迎转发:2019新型冠状病毒是大自然给人类不文明生活习惯的惩罚,我石正丽用我的生命担保,与实验室没有关系。奉劝那些相信并传播不良媒体的谣传的人,相信印度学者不靠谱的所谓‘学术分析’的人,闭上你们的臭嘴。“  

“这是非常荒谬的推测。”张林琦对《中国新闻周刊》说。“我们有点高估了自己的想象力或者创造力,而低估了看上去所谓特别简单的生物体。”张林琦强调,以过往实验为例,科学家把病毒遗传工程改造成之后,再把这个病毒用到猴子身上做实验,这时会惊奇地发现,病毒自己恢复到了原来的最佳状态。

病毒看上去好像是所谓低级生物,也都是经历了百万年、上千万年进化才得以在地球上占据一席之地,“想(人为)改变一个物种是非常困难的,我们做生命科学做了这么多,你会发现任何一个物种在这个世界上、在现阶段都有它存在的道理。”张林琦最后说。


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最新评论(12)
西红柿炒蛋
西红柿炒蛋 2020-02-03 回复
印度?干净又卫生啊。兄弟们。
临溪而渔
临溪而渔 2020-02-03 回复
各位都这么明白咋还没研究出有效的治疗药物呢?把时间都用在有没有阴谋上了?
来一起战个痛
来一起战个痛 2020-02-03
任何药物都有临床期,而且世卫组织为了应对全球病毒爆发,还专门缩短了特殊药物的临床时间
Melon
Melon 2020-02-03 回复
双黄连和双黄月饼文字序列50%相似
Gordon1116688
Gordon1116688 2020-02-03 回复
印度啥学者啊?
云水禅心
云水禅心 2020-02-03 回复
还是老毛有远见,美帝国主义亡我之心不死!


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